De acuerdo con la Ley 87 de 1993 en su artículo 12, las funciones de la Oficina de Control Interno son las siguientes:

“(…) Artículo 12. Funciones de los Auditores Internos. Serán funciones del asesor, coordinador, auditor interno, o similar, las siguientes:

1. Planear, dirigir y organizar la verificación y evaluación del sistema de control Interno.
2. Verificar que el Sistema de Control Interno esté formalmente establecido dentro de la organización y que su ejercicio sea intrínseco al desarrollo de las funciones de todos los cargos y, en particular, de aquellos que tengan responsabilidad de mando.
3. Verificar que los controles definidos para los procesos y actividades de la organización, se cumplan por los responsables de su ejecución y en especial, que las áreas o empleados encargados de la aplicación del régimen disciplinario ejerzan adecuadamente esta función.
4. Verificar que los controles asociados con todas y cada una de las actividades de la organización estén adecuadamente definidos, sean apropiados y se mejoren permanentemente, de acuerdo con la evolución de la entidad.
5. Velar por el cumplimiento de las leyes, normas, políticas, procedimientos, planes, programas, proyectos y metas de la organización y recomendar los ajustes necesarios.
6. Servir de apoyo a los directivos en el proceso de toma de decisiones, a fin que se obtengan los resultados esperados.
7. Verificar los procesos relacionados con el manejo de los recursos, bienes y los sistemas de información de la entidad y recomendar los correctivos que sean necesarios.
8. Fomentar en toda la organización la formación de una cultura de control que contribuya al mejoramiento continuo en el cumplimiento de la misión institucional.
9. Evaluar y verificar la aplicación de los mecanismos de participación ciudadana, que, en desarrollo del mandato constitucional y legal, diseñe la entidad correspondiente.
10. Mantener permanentemente informados a los directivos acerca del estado del control interno dentro de la entidad, dando cuenta de las debilidades detectadas y de las fallas en su cumplimiento.
11. Verificar que se implanten las medidas respectivas recomendadas.
12. Las demás que le asigne el jefe del organismo o entidad, de acuerdo con el carácter de sus funciones.

Parágrafo. En ningún caso, podrá el asesor, coordinador, auditor interno o quien haga sus veces, participar en los procedimientos administrativos de la entidad a través de autorizaciones o refrendaciones.

Por su parte, el Decreto 2893 de 2011, “Por el cual se modifican los objetivos, la estructura orgánica y funciones del Ministerio del Interior y se integra el Sector Administrativo del Interior.”, señalando en su artículo 8° las Funciones de la Oficina de Control Interno o quien haga sus veces, además, de las señaladas en las leyes vigentes sobre la materia, las siguientes:

1. Asesorar y apoyar al Ministro en el diseño, implementación y evaluación del Sistema de Control Interno del Ministerio, así como verificar su operatividad.
2. Desarrollar instrumentos y adelantar estrategias orientadas a fomentar una cultura de autocontrol que contribuya al mejoramiento continuo en la prestación de los servicios de competencia del Ministerio.
3. Aplicar el control de gestión e interpretar sus resultados con el objetivo de presentar recomendaciones al Ministro, haciendo énfasis en los indicadores de gestión diseñados y reportados periódicamente por la Oficina Asesora de Planeación.
4. Verificar el cumplimiento de las políticas, normas, procedimientos, planes, programas, proyectos y metas del Ministerio, así como recomendar los ajustes pertinentes y efectuar el seguimiento a su implementación.
5. Asesorar a las dependencias en la identificación y prevención de los riesgos que puedan afectar el logro de sus objetivos.
6. Asesorar, acompañar y apoyar a los servidores del Ministerio en el desarrollo y mejoramiento del Sistema de Control Interno y mantener informado al Ministro sobre la marcha del Sistema.
7. Presentar informes de actividades al Ministro y al Comité de Coordinación del Sistema de Control Interno.
8. Preparar y consolidar el Informe de Rendición de Cuenta Fiscal que debe presentarse anualmente a la Contraloría General de la República al comienzo de cada vigencia.
9. Coordinar y consolidar las respuestas a los requerimientos presentados por los organismos de control respecto de la gestión del Ministerio.
10. Apoyar el desarrollo, sostenimiento y mejoramiento continuo del Sistema Integrado de Gestión Institucional, supervisar su efectividad y la observancia de sus recomendaciones.
11. Las demás que le sean asignadas y que correspondan a la naturaleza de la dependencia.